Tàng Dược Lệnh kể về câu chuyện của Trương Tiểu Phàm (Trương Triết Hạn), một thiếu niên mồ côi, sống ở núi Thanh Vân. Anh ta là một người lương thiện, nhưng lại có số phận bi thảm.

Một ngày nọ, Trương Tiểu Phàm gặp gỡ Lục Tuyết Kỳ (Lý Nhất Đồng), một thiếu nữ xinh đẹp, tài giỏi, và là con gái của chưởng môn Thanh Vân Môn. Lục Tuyết Kỳ ban đầu coi thường Trương Tiểu Phàm, nhưng dần dần cô nhận ra rằng anh ta là một người tốt bụng và có tài năng.

Trương Tiểu Phàm và Lục Tuyết Kỳ cùng nhau trải qua nhiều cuộc phiêu lưu, và họ dần dần nảy sinh tình cảm với nhau. Tuy nhiên, tình yêu của họ gặp phải nhiều thử thách, từ sự ngăn cấm của Thanh Vân Môn, đến âm mưu của những thế lực tà ác.