Penthouse: Cuộc Chiến Thượng Lưu (Phần 3) kể về sau chuỗi ngày khổ sở ngắn ngủi trong tù, cặp vợ chồng ác ma Ju Dan Tae và Choi Seo Jin đã được ra tù sớm và quay lại lộng hành ác hơn xưa. Cặp đôi nhanh chóng diễn lại vở kịch gia đình hạnh phúc khiến người xem phải ghê sợ. Trùm ác ma Ju Dan Tae đường đường chính chính trở lại làm trùm Hera, tiếp tục những thương vụ làm ăn bạc tỷ.

Sau đó, Ha Yoon Chul và Lee Gyu Jin lại tiếp tục tái hợp dưới trướng Ju Dan Tae, tuy nhiên, phe phản diện lần này lại có thêm sự xuất hiện của nhân vật mới (người đàn ông đã từng đi cùng Logan Lee) và bố của Je Ni. Seo Jin cũng trở nên ghê gớm hơn xưa. Cô nàng vừa diễn vai người vợ hiền hậu, yêu chồng trước mặt mọi người nhưng sau lưng lại tiếp tục thâu tóm và đe dọa gã chồng ác ma Ju Dan Tae. Trong lúc đó, Yoon Hee (Eugene) cũng chính thức trở lại với vẻ giàu có và bắt đầu kế hoạch trả thù riêng.