Người Thầy Y Đức 3 kể về ba năm sau những sự kiện trong mùa 2, Seo Woo Jin đã trở thành một bác sĩ tài năng và tận tâm tại Bệnh viện Doldam. Anh cùng Cha Eun Jae, người yêu và đồng nghiệp của mình, tiếp tục cống hiến cho sự nghiệp y cứu.

Tuy nhiên, Bệnh viện Doldam đang gặp phải nhiều khó khăn. Nghị sĩ Ko, một kẻ tham nhũng và độc ác, đang âm mưu đóng cửa bệnh viện. Để bảo vệ Doldam, Woo Jin và Eun Jae cùng các đồng nghiệp của mình phải chiến đấu chống lại âm mưu của Nghị sĩ Ko.

Bên cạnh đó, Thầy Kim, người thầy y đức đáng kính, cũng phải đối mặt với những thử thách mới. Ông bị buộc phải lựa chọn giữa việc tiếp tục ở lại Doldam hay chuyển đến một bệnh viện lớn hơn ở Seoul.