Khi Bóng Đêm Gợn Sóng xoay quanh câu chuyện tình yêu giữa Hứa Khuynh Du, một nhân viên văn phòng tài năng, xinh đẹp và Mạc Linh Trạch, tổng tài bá đạo, lạnh lùng. Hứa Khuynh Du (do Trương Dư Hi thủ vai) là một cô gái độc lập, mạnh mẽ, luôn cố gắng hết mình trong công việc. Tuy nhiên, cô lại gặp nhiều trắc trở trong tình yêu. Mạc Linh Trạch (do Lưu Học Nghĩa thủ vai) là một tổng tài tài ba, quyết đoán, nhưng lại có tính cách lạnh lùng và khó gần.

Số phận đưa đẩy Hứa Khuynh Du và Mạc Linh Trạch gặp nhau khi Hứa Khuynh Du trở thành trợ lý cho Mạc Linh Trạch. Ban đầu, họ thường xuyên xảy ra mâu thuẫn vì tính cách khác biệt. Tuy nhiên, dần dần, họ hiểu nhau hơn và nảy sinh tình cảm.